Skupština Udruge je najviše tijelo upravljanja radom i poslovanjem Udruge. Skupština Udruge: utvrđuje opću politiku rada i djelovanja, te donosi temeljne odrednice za program rada, odlučuje o financijskom izvješću i utvrđuje način raspolaganja sredstvima za programsko djelovanje dodijeljenim iz proračuna Hrvatske udruge poslodavaca, razmatra i zauzima stajalište o izvješćima tijela Udruge u skladu s odredbama ovoga Statuta, donosi Poslovnik o svom radu. Skupština Udruge bira članove Udruge za predstavnike u Skupštini Hrvatske udruge poslodavaca sukladno Statutu HUP-a. Skupštinu Udruge sačinjavaju svi članove Udruge. Izvršni odbor je kolektivno tijelo upravljanja svakodnevnim radom i poslovanjem Udruge. Izvršni odbor Udruge posebice je ovlašten: imenovati i opozvati vještake i zastupnike, nadzirati rad koordinacija Udruge, odlučiti o isključenju s rada ili o drugoj industrijskoj akciji, donositi odluke u svezi s kolektivnim pregovaranjem i mirnim rješavanjem sporova, imenovati, savjetovati i nadzirati osobe ovlaštene za kolektivno pregovaranje i sklapanje kolektivnog ugovora, te verificirati rezultate pregovora, prenijeti ovlast za sklapanje kolektivnog ugovora na Hrvatsku udrugu poslodavaca. Ako kolektivni pregovori i postupak mirnog rješavanja kolektivnih radnih sporova nisu uspjeli, odluku iz alineje e) stavka 2. ovoga članka Izvršni odbor donosi samostalno ili na prijedlog ravnatelja ili osoba iz alineje g) stavka 2. ovoga članka. Izvršni odbor Udruge rješava sva pitanja koja nisu stavljena u djelokrug kojem drugom tijelu Udruge. Članove Izvršnog odbora bira Skupština Udruge. Mandat članova Izvršnog odbora traje četiri godine. Dužnost člana Izvršnog odbora je počasna. Koordinacije Radi zaštite specifičnih interesa članovi Udruge mogu osnovati Koordinacije. Koordinacije se bave pitanjima od zajedničkog interesa za obavljanje, unapređivanje i promoviranje neke djelatnosti unutar Udruge, te se osnivaju radi lakšeg rješavanja određene problematike i razmjene iskustava s određenog područja. Koordinacija dostavlja prijedloge, zaključke i mišljenja drugim tijelima Udruge, a može nastupati i prema vani putem za to ovlaštenih osoba Udruge ili Hrvatske udruge poslodavaca. Radom Koordinacije rukovodi voditelj kojeg između sebe biraju članovi Koordinacije.