Skupština Udruge je najviše tijelo upravljanja radom i poslovanjem Udruge. Skupština Udruge: a) donosi Statut Udruge, njegove izmjene i dopune, te druge opće akte određene ovim Statutom, b) utvrđuje opću politiku rada i djelovanja, te donosi temeljne odrednice za program rada, c) odlučuje o financijskom izvješću i utvrđuje način raspolaganja sredstvima za programsko djelovanje dodijeljenim iz proračuna Hrvatske udruge poslodavaca, d) razmatra i zauzima stajalište o izvješćima tijela Udruge u skladu s odredbama Statuta, e) odlučuje o prestanku rada Udruge, f) donosi Poslovnik o svom radu. Skupština Udruge bira članove Udruge za predstavnike u Skupštini Hrvatske udruge poslodavaca sukladno Statutu HUP-a. Po potrebi Skupština može osnivati i imenovati odgovarajuća povjerenstva, kad je to potrebno radi rješavanja pojedinih pitanja, u skladu s odredbama ovoga Statuta. Izvršni odbor je kolektivno tijelo upravljanja svakodnevnim radom i poslovanjem Udruge. Izvršni odbor Udruge posebice je ovlašten: a) imenovati i opozvati vještake i zastupnike, b) nadzirati rad koordinacija Udruge, c) odlučiti o isključenju s rada ili o drugoj industrijskoj akciji, d) donositi odluke u svezi s kolektivnim pregovaranjem i mirnim rješavanjem sporova, e) imenovati, savjetovati i nadzirati osobe ovlaštene za kolektivno pregovaranje i sklapanje kolektivnog ugovora, te verificirati rezultate pregovora, f) prenijeti ovlast za sklapanje kolektivnog ugovora na Hrvatsku udrugu poslodavaca. Ako kolektivni pregovori i postupak mirnog rješavanja kolektivnih radnih sporova nisu uspjeli, odluku Izvršni odbor donosi samostalno ili na prijedlog ravnatelja . Izvršni odbor Udruge rješava sva pitanja koja nisu stavljena u djelokrug kojem drugom tijelu Udruge. Radi zaštite specifičnih interesa članovi Udruge mogu osnovati Koordinacije. Koordinacije se bave pitanjima od zajedničkog interesa za obavljanje, unapređivanje i promoviranje neke djelatnosti unutar Udruge, te se osnivaju radi lakšeg rješavanja određene problematike i razmjene iskustava s određenog područja. Koordinacija dostavlja prijedloge, zaključke i mišljenja drugim tijelima Udruge, a može nastupati i prema vani putem za to ovlaštenih osoba Udruge ili Hrvatske udruge poslodavaca. Izvješće o osnivanju Koordinacije dostavlja se glavnom dirketoru HUP-a i Izvršnom odboru Udruge. Radom Koordinacije rukovodi voditelj kojeg između sebe biraju članovi Koordinacije. Koordinaciju čini najmanje pet članova Udruge.