Skupština Udruge je najviše tijelo upravljanja radom i poslovanjem Udruge. Skupština Udruge donosi Statut Udruge, njegove izmjene i dopune, te druge opće akte određene Statutom, utvrđuje opću politiku rada i djelovanja, donosi temeljne odrednice za program rada, odlučuje o financijskom izvješću i utvrđuje način raspolaganja sredstvima za programsko djelovanje dodijeljenim iz proračuna Hrvatske udruge poslodavaca, razmatra i zauzima stajalište o izvješćima tijela Udruge u skladu s odredbama ovoga Statuta, odlučuje o prestanku rada Udruge, donosi Poslovnik o svom radu, imenuje i razrješava Predsjednika Udruge, Zamjenika/cu Predsjednika udruge i Dopredsjednike udruge. Skupština Udruge bira članove Udruge za predstavnike u Skupštinu Hrvatske udruge poslodavaca sukladno Statutu HUP-a. Izvršni odbor Udruge je kolektivno tijelo upravljanja svakodnevnim radom i poslovanjem Udruge koji koordinira i provodi program rada Skupštine između dvije sjednice Skupštine. Predsjednik Udruge predstavlja i zastupa Udrugu, vodi i nadzire poslovanje, saziva sjednice Skupštine i Izvršnog odbora te im predsjeda, provodi odluke i zaključke tijela Udruge i odgovoran je za zakonitost rada Udruge. U slučaju spriječenosti, predsjednika Udruge zamjenjuje Zamjenik/ca Predsjednika Udruge s istim ovlastima. Za svoj rad Predsjednik i Zamjenik/ca predsjednika Udruge odgovaraju Skupštini Udruge. Radi zaštite specifičnih interesa članovi Udruge mogu osnovati Koordinacije. Koordinacije se bave pitanjima od zajedničkog interesa za obavljanje, unapređivanje i promoviranje određene djelatnosti unutar Udruge, te se osnivaju radi lakšeg rješavanja specifične problematike i razmjene iskustava s određenog područja. Koordinacija dostavlja prijedloge, zaključke i mišljenja drugim tijelima Udruge, a može nastupati i prema drugim tijelima putem za to ovlaštenih osoba Udruge ili Hrvatske udruge poslodavaca.