Posebne zamjerke novim Pravilnicima su diskriminirajuće odredbe prema kojima se nepravedno tretiraju povezana društva, koja njeguju posebnu tradiciju i povijest koja u ta dva sektora desetljećima posluju, zapošljavaju veliki broj osoba i značajna su karika u lancu opskrbe. Komentirajući iznenadne promjene kriterija, Goran Pajnić, predsjednik HUP- Udruge prehrambene industrije i poljoprivrede istaknuo je: „Europska komisija niti jednom uredbom ne zahtijeva od država zemalja članica primjenu ovih kriterija, koji bi doveli u nepovoljan položaj veliki broj proizvođača. Ovakve iznenadne promjene kriterija ukazuju na najveći problem hrvatskog agrara i prehrambene industrije – nedostatak vizije i strategije razvoja sektora. Zbog nedostatka kontinuiteta kriterija u raspisivanju natječaja, dovodimo se u situaciju da domaći proizvođači teško mogu donositi poslovne odluke vezane za nove investicije, koje su nužne za opstojnost domaće proizvodnje.“ Nadalje, promjena u Pravilnicima vezana za maksimalne vrijednosti potpore po projektu, pri čemu je predloženo smanjivanje ukupnog iznosa potpore sa 5 i 3 na 1 milijun eura, nije prihvatljiva jer ne uvažava specifičnosti pojedinog sektora i potrebe za višim iznosom potpore kod većih ulaganja. Podsjećamo da su članice HUP-a sudjelovale u prikupljanju podataka o planiranim investicijama kad se radio nacrt Programa ruralnog razvoja RH i kada se temeljem analize planiranih ulaganja došlo do podataka o potrebnim iznosima potpore, što je odobravajući PRR i Europska komisija uvažila kao relevantnu činjenicu. HUP se zalaže za zadržavanje postojećih maksimalnih visina potpora po projektu. Nesporno je da se određeni broj investicija kod manjih proizvođača može pokrenuti i s iznosom potpore od 1 milijun eura, no nužna je sinergija velikih i malih proizvođača radi cjelokupnog uspjeha hrvatskog agrara i prehrambene industrije. Zanemariti pritom potrebe velikih poduzetnika znači ograničiti mogućnosti ukupnog razvoja u ova dva sektora. Prijedlozi Pravilnika u ovom obliku predstavljaju udar na domaću proizvodnju i poljoprivredne tvrtke koje zapošljavaju veći broj radnika, ali i na male proizvođače koji nisu dovoljno konkurentni. Kriteriji bi se trebali uskladiti sa potrebama i strukturom domaće proizvodnje. Također, svaka ovakva iznenadna promjena u kriterijima stavlja domaće proizvođače u neizvjestan položaj u kojem su izloženi velikoj pravnoj nesigurnosti te u kojoj nisu sposobni dugoročno planirati potencijalna ulaganja te na adekvatan način razvijati strategiju svoje tvrtke, što posredno utječe i na razvoj samog sektora. Protuzakoniti i diskriminirajući prijedlozi Pravilnika, koji, ponavljamo, nemaju utemeljenje niti u Direktivi, niti u nacionalnim propisima, a niti su praksa ijedne EU zemlje članice, HUP-u su potpuno neprihvatljivi i ni na koji način im ne želi dati legitimitet. Zbog svega navedenog HUP obavještava cjelokupnu javnost da se povlači iz svih povjerenstava u kojima je kao socijalni partner do sada sudjelovalo na ovu temu. Odgovornost za ovakva štetna rješenja morat će preuzeti isključivo Ministarstvo poljoprivrede.