Udruga male brodogradnje i nautičkog sektora osnovana je 27. Studenoga 2009. na osnivačkoj Skupštini u Splitu kao granska udruga Hrvatske udruge poslodavaca. U Hrvatskoj udruzi poslodavaca, udruga male brodogradnje i nautičkog sektora jedina ima sjedište u Splitu. Udruga štiti i promiče prava i interese svojih članova osobito u području uređivanja uvjeta poslovanja, odnosa s tijelima državne vlasti te zakonodavstva od važnosti za cjelokupni nautički sektor. Na Skupštini održanoj 19. ožujka 2010. u Splitu, udruga mijenja naziv u HUP Udruga nautičkog sektora. Skupština donosi Program rada koji definira buduće aktivnosti udruge i Izvršnog odbora.
Udrugu nautičkog sektora zastupaju, predstavljaju i potpisuju predsjednik Izvršnog odbora, 2 dopredsjednika Izvršnog odbora te glavni direktor HUP-a.